Научный этап изучения антропогенеза начался фактически только с XVIII века. До этого преобладал религиозный подход. Но и на протяжении XVIII-XIX веков наука не была чётко отделена от философии, а учёные обычно назывались натурфилософами или естествоиспытателями. Некоторые из них – Д. Дидро, К. Гельвеций, Ж. Бюффон, Д. Монбоддо – уже в XVIII веке высказывали мнение о «перерождении» одних организмов в других, в том числе – обезьяны в человека.
Изучение анатомии и морфологии самых разнообразных животных приводило к мысли о большем или меньшем их сходстве. Часто это представлялось в виде так называемой «лестницы существ» (её наиболее известный вариант – система К. Линнея – стал основой современной класификации), которая ведёт от низших организмов к высшим, с человеком на вершине, но зачастую вовсе не подразумевает родство этих форм. Для этого периода типично полное отделение человека от прочих животных, выделение его в отдельный отряд или даже царство. Надо сказать, что в бытовом сознании среднего человека, далёкого от биологии, такой подход доминирует и сейчас.
Концепция изменения одних существ в другие – биологической эволюции – приобретала в трудах натуралистов всё более отчётливые очертания. Впервые стройное обоснование гипотезы эволюции опубликовал Ж.Б. Ламарк в 1802 и 1809 гг., указав, что человека следовало бы поместить в системе природы как венец «четвероруких» (приматов), если бы он не был создан Творцом совершенно отдельно от животных. Однако механизмы эволюционных изменений, предложенные Ж.Б. Ламарком, выглядят слишком простыми и довольно неубедительными. Он считал, что органы животных меняются под воздействием тренировки, например, тянули жирафы шею к верхним веткам, вот и стали длинношеими. Даже у современников учёного эта теория в своём законченном виде не получила широкого признания. Наследование приобретённых в течении жизни признаков, согласно данным современной генетики, невозможно.
Куда более резкий научный и общественный резонанс вызвала теория эволюции Ч. Дарвина, опубликованная в 1859 г. в книге «Происхождение видов путём естественного отбора», в 1871 г. в книге «Происхождение человека и половой подбор» и в других работах. С момента опубликования, мысли Ч. Дарвина получили как горячих сторонников, например, Т. Гексли и Э. Геккеля, так и яростных противников – епископа Уильберфорса и натуралиста Майварта. Теория продолжала развиваться, а после открытия генетического наследования и его законов, стала называться синтетической теорией эволюции. Важно подчеркнуть, что современная теория – это развитие классического дарвинизма, так что спорить с Ч. Дарвином, как это часто делают не самые далёкие «критики», столь же глупо, как спорить с астрономами или физиками середины XIX века. Хотя, надо признать, Ч. Дарвин сумел описать все основные формы отбора и привести столько примеров и доказательств, что в этом его поныне не превзошёл никто.
Краткая суть синтетической теории эволюции заключается в следующем. Наследственная информация хранится в клетках живых существ в виде сложных молекул РНК или ДНК, отрезки которых, кодирующие определённые белки или управляющие их синтезом, называются генами; на более высоком уровне ДНК может быть оформлена в комплексы – хромосомы. Гены изменяются под воздействием разнообразных факторов, такие изменения называются мутациями. Для эволюции значимы те мутации, что происходят в половых клетках и передаются потомству. Мутации чаще оказываются вредными или нейтральными, но при смене условий среды могут дать индивиду некое преимущество в сравнении с исходным вариантом. Если организм оказывается более приспособленным, чем его сородичи, то имеет шанс оставить больше потомства, передав ему свои генетически закреплённые качества. Условия среды могут измениться так, что полезнее оказываются признаки, бывшие до того нейтральными или даже вредными. Организмы, имеющие такие признаки, выживают, и признаки остаются у потомства. Существуют разные виды отбора. Существенно, что такое изменение наследственности занимает обычно очень длительное время – многие поколения, тем более, что и условия редко меняются резко. Кроме того, огромную роль играют рекомбинации – перетасовка вариантов генов, когда они отличаются у двух родителей; за счёт рекомбинаций разнообразие создаётся даже в отсутствие новых мутаций. Значительная же часть признаков не имеет большой адаптивной – приспособительной – ценности, они могут меняться довольно случайно, по статистическим законам, что называется генетико-автоматическими процессами, варианты которых – генный дрейф, «эффект основателя», «эффект бутылочного горлышка» – проявляются в некоторых специфических, хотя и нередких, условиях.
В настоящее время синтетическая теория эволюции не является единственной научной теорией эволюции, но её придерживается подавляющее большинство биологов (вероятно, гораздо больше 99%), она имеет наиболее доказательную базу и подтверждается практически всеми биологическими исследованиями, включая экспериментальные. Другими вариантами являются, например, разнообразные варианты мутационизма. Согласно им, изменения наследственности происходят не в течение длительного времени, а практически одномоментно и дают сразу новую форму организмов.
Наши предки, будучи частью окружающей природы, тоже постепенно видоизменялись вслед за изменениями внешних условий, что и привело к появлению современного человека. Однако человек уникален в том отношении, что в его существовании огромную роль играет социокультурная составляющая и, чем ближе к современности, тем эта составляющая оказывается всё значительнее.